在第五季的结尾，乱中杰克（基弗·萨瑟兰 Kiefer Sutherland 饰）意外的被中国秘密逮捕，乱中在长达20个月的关押期。杰克忍受着非人的严刑拷问却没有说一句话。而此时的美国，却遭受到恐怖分子炸弹袭击的威胁，而且证据显示可能是伊斯兰教派武装组织所为。CTU方面调查发现，这一系列恐怖袭击的背后主使是一个名叫阿萨德的伊斯兰恐怖分子。而为了能顺利实施针对阿萨德的刺杀计划，美国和中方交涉，换回了被关押的杰克•鲍尔。打算利用杰克作为诱饵，引出阿萨德。可是，在引诱阿萨德出现的一系列活动中，杰克却发现这次恐怖袭击的幕后主使另有其人。为了化解即将到来的恐怖袭击，杰克再次挺身而出，只身与恐怖分子展开了较量……
合而为一合唱团
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周华健
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覃丽
回复 :继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
