故事发生在东京八丈岛近海，月光一座将全球各地警方监控相连接的高科技设施——“太平洋浮标”即将启动。为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，月光来自世界各地的工程师聚集在这里。基于人脸识别的全新“黑科技”也正在测试中……与此同时，柯南一行人前往八丈岛观鲸，途中柯南接到冲矢昴（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相的柯南潜入“太平洋浮标”。正当工程师们正在为系统启动而展开准备工作时，一桩案件突然发生！一名女工程师被黑暗组织绑架，她手中存有核心技术的U盘也落入了黑暗组织手中！此时，水下传来未知潜水艇逼近的声音，令人毛骨悚然，一个神秘的黑影也正在悄悄接近灰原哀……
撒小乐团
回复 :果仁大盗袭击卡比时激起了小光内在的正义感，奈何一个小学生又怎能对抗一个身形魁梧，手上装有特制果仁枪的果仁大盗。幸好卡比在危急关头给小光一件秘密武器，电击小子诞生！
艾梅葛兰特
回复 :目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑……
秦基博
回复 :《魔装机神》是Banpresto公司在其发行的游戏超级机器人大战中加入的原创作品，最初由WinkySoft公司开发，从第2次机器人大战开始加入游戏，其后在超级机器人大战系列游戏中频繁出场，并且最终和Banpresto公司的其他原创作品整合到超级机器人大战原创世纪。Banpresto公司也在超级任天堂上发售游戏“超级机器人大战外传-魔装机神”，于PS推出“真魔装机神”，并推出动画。在WinkySoft和Banpresto的合作终止后，魔装机神逐渐淡出游戏。WinkySoft于2000年发行其续作圣灵机ライブレード。 魔装机、魔装机神发源的世界名为拉?基亚斯(ラ?ギアス)，位于地球内部歪曲的空间。拉?基亚斯的世界不存在水平线和地平线，太阳在中天不会移动。但是太阳的周期和地上一样，当太阳的光变暗、消失时，然后月亮就会代替太阳支配著世界。这个周期相当于地上北纬30到40度的岁差运动。 从拉?基亚斯可以经过称为“Gates”的接点来到地上。拉?基亚斯给人的时代感觉是中世纪的欧洲。 魔装机是为了对应拉?基亚斯中，拉古兰(ラングラン)王国的危机而制作出来的兵器，是集合了拉古兰王国的魔术、炼金学技术开发的。 操作魔装机不需要魔力，而是需要名为库拉那(ブラーナ)的能量。随著感情的波动，激发库拉那的流动，就可以发挥魔装机的全部性能。正魔装机制作了16架，当中性能最突出的4架就称为“魔装机神”，属于A级魔装机，剩下的便是B级魔装机。正魔装机各自对应著相应的守护精灵。4架魔装机神分别得到的是4大精灵：火、水、风、大地的加护。拉古兰政府军使用的是以正魔装机为蓝本做出来的量产机，属于C 级魔装机。 土木工程用的魔装机属于D级魔装机。 该作主角是安藤健，与之前所有游戏中是不同的故事框架。
