故事设定在一个身怀魔力的人类濒临灭绝的世界，永久武力的最高境界从使用利剑，永久转而到使用魔法，继而变成了使用枪械。就读于培训用以取缔残存魔力威胁的“异端审问官”专业机关——“对魔导学园”的男主角草薙哮，是个完全不会使用枪械，只靠一柄刀与敌人交锋的另类。而他率领的第35试验小队又被称为“杂鱼小队”，顾名思义是由一群劣等生拼凑而成的团队。某一天，拥有“魔女猎人”资格的超精英持枪高手凤樱花，竟然加入了这支队伍。在带领队员动身执行回收魔导遗产的任务中，一场学园动作奇幻大作就此开始。
回复 :大陆历一六零四年，在菲尔毕斯特大陆实际已经延续了三世纪的战国时代以北方霸主贾兹帝国的崩坏迎来了终结。投入的兵力包括正规的骑士及士兵，魔法师及乱破师，佣兵团在内实际六十二万，还包括航天要塞三座在内的大量魔法兵器，弃兽兵团，天龙骑兵队等特殊战力也毫无保留的被派出，彻底地将被称为“万恶的根源”的这个贾兹帝国歼灭。
回复 :源内苍（日笠阳子 配音）是一名十分平凡的高中一年级女生，一天，她收到了一个神秘的包裹，拆开了包装，出现在小苍面前的，是名叫“Frame Arms Girl”的小型机器人轰雷（佳穗成美 配音）。轰雷可不是一般的机器人，她拥有着自我的意识，能够通过学习人类的感情与战斗方式而不断地自我进化，就这样，小苍和轰雷的同居生活拉开了帷幕。除了轰雷外，还存在着别的机甲少女。个性十分傲娇的短剑（绫濑有 配音）、性格单纯但拥有着广袤的知识的闪燕（长江里加 配音）、行事大大咧咧但充满了正义感的迅雷（桦山南 配音）、没有一丝感情沉默寡言的骨姬（山村响 配音），在轰雷之后，她们接二连三的出现在了小苍的身边。
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回复 :由于两位假面骑士的活跃，邪恶组织·杰鲁修卡被消灭，但是首领又创建了新组织·毒蝎帮(又译“迪斯特龙”)。本乡猛的学弟·风见志郎偶然目击毒蝎帮的行动，而受到该邪恶组织的追杀，之后父母以及妹妹都被毒蝎帮的怪人所杀。志郎为了向毒蝎帮军复仇而要求1号和2号替他改造，但二人知道改造人的悲哀，而拒绝了他。后来1号和2号落入了毒蝎帮的陷阱而陷入危机，志郎舍命相救，被机关所伤而奄奄一息，为了救他一命，1号、2号不得不将他改造成改造人·假面骑士V3。
