江戸時代、香蕉线网线观将軍・徳川吉宗の命により設置された目安箱に寄せられた庶民の声を受けて、香蕉线网线观「新中町奉行所」通称「蟲奉行所」が新設される。その役目は江戸に跋扈する巨大蟲を駆除すること。新米同心の月島仁兵衛は巨大蟲から江戸を守るため、先輩の同心達と共に戦うこととなる。